Deep Space Nine ist der Name einer Raumstation der Cardassianer, die einst über den in der Nähe liegenden Planeten Bajor herrschten. Nach ihrer brutalen Besetzung wurde die Station der Föderation bzw. der Sternenflotte übergeben, die von dort aus beim Wiederaufbau der bajoranischen Welt und Gesellschaft helfen soll. Commander Benjamin Sisko (Avery Brooks) soll die Mission übernehmen, der einige Jahre zuvor seine Ehefrau bei einem Angriff der Borg verlor. Der Witwer versucht, gemeinsam mit seinem Sohn Jake (Cirroc Lofton) ein neues Leben zu beginnen. Zur Seite stehen ihm die bajoranische Liason-Offizierin Major Kyra Neris (Nana Visitor), eine alte Freundin Jadzia Dax (Terry Farrel), der Gestaltenwandler Odo (Rene Auberjonois), Chief Miles O’Brien (Colm Meaney), Doctor Julian Bashir (Alexander Siddig) und gelegentlich der eigensinnige Ferengi und Barbesitzer Quark (Armin Shimerman). Später stößt sogar der Klingone Lieutenant Commander Worf hinzu.
Seine Mission wird allerdings erschwert, als sich das erste stabile Wormloch der Galaxie in der Nähe der Station öffnet, die den Alpha Quadranten mit dem Gamma Quadranten verbindet. Durch diesen intergalaktischen Tunnel begegnet die Crew von Deep Space Nine nicht nur freundlich gesinnten Außerirdischen, sondern muss bald auch gegen das Dominion kämpfen. Hierbei handelt es sich um ein Imperium, das den Gamma-Quadranten beherrscht und nach der Entdeckung des Wormlochs den Alpha-Quadranten erobern möchte.
Die Serie wurde zu Beginn ebenfalls stark kritisiert, was unter anderem daran lag, dass sich die Raumstation nicht fortbewegen und fremde Spezies entdecken konnte. Erst als der Dominion-Krieg begann und die Serie religiöse Themen sowie moralische Grauzonen erkundete, düstere Wege einschlug und sich gelegentlich von der Heile-Welt-Utopie entfernte, freundeten sich viele Fans mit der neuen Produktion an. Inzwischen gilt sie sogar als einer der besten Vertreter des Franchises und des Science-Fiction-Genres. Es handelte sich auch um eine der ersten TV-Serien, die über sieben Staffeln hinweg eine durchgängige Geschichte mit einem roten Faden erzählte, was heute bei fast jeder Serie üblich ist. Einzelne Episoden mit in sich geschlossenen Handlungen wurden aber immer wieder eingestreut.