Auch in What if…? Staffel 2 bekommen die Zuschauer wieder bekannte Marvel-Helden und -Geschichten präsentiert, die aber in einem parallelen Universum spielen und daher etwas anders ablaufen. So spielt eine Episode beispielsweise auf einer Erde, in der amerikanische Ureinwohner zuerst den Tesseract finden konnten und so die Geschichte der Welt in vollkommen neuen Bahnen gelenkt wurde. In einer anderen Episode kommt es zum Konflikt zwischen den Figuren aus Shang-Chi und den Göttern Asgards rund um Odin, während eine weitere Folge Tony Stark, Gamora und den Grandmaster in einem wilden Autorennen gegeneinander antreten lässt.
Auch bekannte Figuren aus Staffel 1 sind wieder mit von der Partie. So können sich die Fans auf ein Wiedersehen mit Captain Carter und Black Widow freuen. Der Watcher spielt natürlich ebenfalls wieder eine wichtige Rolle und verfolgt seine ganz eigenen Pläne, obwohl er doch eigentlich gar nicht in die Geschehnisse in den verschiedenen Universen eingreifen darf.