Die Geschichte von Foundation spielt über 10.000 Jahre in der Zukunft. Die Galaxie wird von einem riesigen Imperium der Menschen beherrscht, die mittlerweile sogar vergessen haben, wo ihre ursprüngliche Heimat, die Erde überhaupt ist. Allerdings steht das Imperium nach Jahrtausenden der Ordnung vor dem Zerfall. So konnte der Wissenschaftler Harry Seldon mit der Hilfe seiner Psychohistorik berechnen, dass das bisherige System schon bald zerfallen und die Galaxie in eine Zeit des Chaos und des Leids stürzen wird.
Der Imperator selbst ist wenig begeistert von Seldons Berechnungen und verbannt diesem von seinem Hof. Gemeinsam mit einer Gruppe von gleichgesinnten reist Seldon daraufhin zum Planeten Terminus, wo er die Foundation gründet. Diese soll das Wissen der Menschheit hüten und aus dem Hintergrund agieren, um so die Zeit des Zusammenbruchs so kurz wie möglich zu halten.
Die 2. Staffel setzt über 100 Jahre nach Staffel 1 an. Nachdem der Imperator Bruder Tag davon erfahren hat, dass alle Klone des ursprünglichen Cleon einen Defekt in sich tragen, begibt er sich auf einen Konfrontationskurs, der ihn in einen Konflikt mit der Foundation führt. Diese hat jedoch noch ganz eigene Probleme, den Hari und seine Verbündeten stoßen auf eine Gruppe von Mutanten, deren Fähigkeiten die Voraussagen der Psychohistorik bedrohen. Und auch Bruder Tag sieht sich schon bald Angriffen ausgesetzt, den eine rachsüchtige Königin arbeitet im Geheimen daran, sein Reich zu zerstören.