Hierbei handelt es sich um den Beginn der Harry-Potter-Saga, bei dem wir die Waise und den Zauberschüler Harry (Daniel Radcliffe) sowie seine neuen Freunde, die strebsame Hermione Granger (Emma Watson) und den furchtsamen Ron Weasley (Rupert Grint), kennenlernen. Alle drei, und selbstverständlich diverse andere Schulanfänger, besuchen die Hogwarts-Schule für Hexerei und Zauberei.
Dort lernen sie studieren sie mal mehr und mal weniger gefährliche Zauberkünste ein, bestreiten Quidditch-Turniere und erleben viele weitere Abenteuer. Im Zentrum des Films steht allerdings der mysteriöse Stein der Weisen, der ursprünglich Nicholas Flamel gehörte – eine Person, die wir jedoch erst in dem Prequel „Phantastisch Tierwesen: Grindelwalds Verbrechen“ kennenlernen sollen, der aber später produziert wurde. Harry hört auch zum ersten Mal von seinem künftigen Erzfeind Lord Voldemort.