Die gesamte Story der Buchvorlage behandelt über sieben Generationen des Königsgeschlechts und ist selbst für Game-of-Thrones-Verhältnisse etwas zu ausufernd. „House of the Dragons“ konzentriert sich deswegen nur auf einen spezifischen Teil dieser Geschichte der Targaryens, nämlich der sogenannte „Tanz der Drachen“. Dabei handelt es sich um einen brutalen und blutigen Bürgerkrieg, zwischen mehreren Mitgliedern der Adelsfamilie. Der Tod von König Viserys I. löst nämlich einen Kampf um dessen Nachfolge aus. Dieser wird zwischen seiner Tochter aus erster Ehe, Prinzessin Rhaenyra, und dem ältesten Sohn aus zweiter Ehe mit Königin Alicient namens Aegon II. bestritten. Rhaenyra war vom König eigentlich von Anfang an für den Thron bestimmt, doch dann brach der Konflikt zwischen der Fraktion der Königin Alicient und der Prinzessin Rhaenyra aus. Die beiden Seiten wurden auch als grün und schwarz bezeichnet, in Anlehnung an die Farben, die Alicient und Rhaenyra jeweils zum letzten königlichen Turnier getragen hatten, bevor die Feindseligkeiten begannen.
Prinzessin Shireen Baratheon erzählte diese Geschichte bereits in einer Episode der 5. Staffel von „Game of Thrones“. Sie erinnert ihren Vater Stannis Baratheon: „Brüder kämpften gegen Brüder, Drachen gegen Drachen. Als es vorbei war, waren Tausende tot.“ Wie Shireen bemerkte, mussten die Targaryens bitter für den Konflikt bezahlen, da fast alle ihre Drachen in dem Krieg starben. Die Tiere blieben eineinhalb Jahrhunderte lang ausgestorben, bis Daenerys Targaryen in „Game of Thrones“ ihre drei Drachen ausbrütete. Beide Seiten wurden zwar von den Targaryens angeführt, die Armeen bestanden jedoch aus Streitkräften der Lannisters, der Starks und anderer Häuser, die Fans bekannt sein sollten. Die Zuschauer können also reichlich Schlachtengetümmel, Action, aber wie bereits in der Vorgängerserie auch jede Menge Machtspiele, Intrigen, Verrat und unvorhergesehene Plot-Twists erwarten.